Prehranska dopolnila se ločijo na naravna in sintetična. Razlika med naravnimi in sintetičnimi vitaminskimi molekulami je v zgradbi kristalov, sicer pa so popolnoma enake drugim kemičnim molekulam.

Sintetični vitamini - Sintetične molekule imajo tako brezhibno zgradbo, da je malo verjetno, da jih telo v celoti izkoristi in da organizmu s svojo vključitvijo ne povzročijo škode. V celice sintetični vitamini vdrejo v količini, ki je bila vnesena ne glede na potrebe telesa, neizkoriščen ostanek pa lahko povzroči stranske učinke. Pogosto je tudi, da številna polnila v sintetičnih vitaminih povzročijo alergije. Telo z uživanjem sintetičnih vitaminov polenimo.

Prehranska dopolnila na naravni osnovi so izvlečki najpomembnejše učinkovine, na primer iz brokolija, korenja ali celo iz skorje dreves (flavonoidi); slednja ni del človekove prehrane. Pomanjkljivost teh dopolnil je v tem, da ne vsebujejo celotne palete - kompleksnosti hranilnih snovi, ki so v živilih.

Naravna prehranska dopolnila so skoncentrirana biološko pridelana in strogo nadzorovana hrana iz žit, žitnih olj, sadja, zelenjave, soje in ostalih stročnic, mleka in mlečnih izdelkov ter rib. Naravno prehransko dopolnilo telo prepozna in ga prebavi ter presnovi enako kot obrok. Iz njega izkoristi toliko snovi, kolikor jih potrebuje, zato "predoziranje" ni mogoče.