Akvarijski filter predstavlja "pljuča in srce" akvarija. Dobro zastavljena in delujoča filtracija je predpogoj za uspešno delujoč in lep akvarij. Poleg mehanične filtracije v filtru poteka biološka filtracija pri kateri bistveno vlogo odigrajo mikroorganizmi. Četudi so zaradi majhnosti nevidni gre za izjemno pomembne prebivalce akvarija. "Filter", kot poimenujemo napravico zadolženo za čistoče vode sestavljajo izbrani filtrirni materijali in črpalka, ki v filter črpa vodo. Pogostost čiščenja filtra je odvisna od kapacitete in obremenjenosti akvarija, načeloma pa velja, da se postopka lotimo še predno je zaznati slabšo pretočnost vode. Črpalko razstavimo kolikor je mogoče in natančno speremo vse obloge, še posebno okoli rotorja in odvodne cevi. Pri filtrirnem materialu pa nikoli nismo tako natančni. V odtočeni akvarijski vodi le rahlo očistimo nesnage, ki so se nabrale, do te mere, da bo voda normalno tekla skozi. Filtrirnih materijalov nikoli ne spiramo pod vodo iz pipe, saj bi klorirana voda lahko pobila tudi vse koristne mikroorganizme. V kolikor je filtrirni materijal zdelan pa ga delno nadomestimo z novim. Nikoli pa menjave ne opravimo v celoti, saj s tem močno "poškodujemo" ekosistem, ki se je ustvaril v akvariju.